Nach dem Studium der Theaterwissenschaft, Neueren deutschen Literatur und Philosophie an der Ludwig-Maximilians-Universität München, studierte Eva-Maria Höckmayr Sprech- und Musiktheaterregie an der Bayerischen Theaterakademie "August Everding" München, Diplom 2006. Sie war Stipendiatin des Richard Wagner Verbands und der Akademie Musiktheater heute der Deutsche Bank Stiftung.
Ihre Inszenierung von "Paellas et Melisande" wurde 2010 mit dem Götz-Friedrich-Preis und dem NRW-Förderpreis für junge Künstlerinnen und Künstler ausgezeichnet, ihre Regiearbeiten erhielten zahlreiche Nominierungen für Beste Regie und Beste Produktion in den Fachzeitschriften Opernwelt und Die deutsche Bühne, wie "Otello" am Theater Freiburg, "Suor Angelica" an der Oper Köln, Frederick Delius' "Romeo und Julia auf dem Dorfe" an der Oper Frankfurt.
Neben Stückentwicklungen, die sich zwischen den Sparten bewegen, zählen zu ihren Operninszenierungen bekannte Werke des Repertoires wie "Madama Butterfly" am Nationaltheater Weimar, "Lucia di Lammermoor" an der Oper Köln, "Der Freischütz" am Staatstheater Darmstadt, "Die Entführung aus dem Serail" an der Oper Graz, "Pique Dame" und "Tannhäuser" am Theater Freiburg oder "La Traviata" am Theater Heidelberg. Daneben inszenierte sie auch mehrfach barocke Wiederentdeckungen, wie Alessandro Scarlattis "Marco Attilio Reglolo" im Rokokotheater Schwetzingen oder Telemanns "Emma und Eginhard" an der Staatsoper Berlin unter der musikalischen Leitung von René Jacobs.

Nach drei erfolgreichen Inszenierungen ("Der Freischütz", "Die Sache Makropolus" und "Tosca") am Staatstheater Darmstadt, kehrt sie nun mit "Lulu" zurück.